Do bản chất hoang dã có tính dữ và có tính sát thương lớn nên trong suốt quá trình nuôi cá sấu phải đề phòng nguy hiểm cho con người, khi người chăn nuôi bước vào, mặc dù đứng ngoài lồng, có lưới sắt bảo vệ nhưng cũng phải né, thấy hơi người là cả đàn sạp vào cắn tới tấp, không có kỹ thuật thì nguy hiểm[20] bình thường cá sấu chỉ ăn và ngủ, nhưng khi thấy có động tĩnh lạ hoặc bị trêu (ném, chọc, nhử đồ ăn quá lâu) thì sẽ rất nguy hiểm, chúng lao ra khỏi lớp rào thép.[12] Ngoài ra, nguy cơ sổng chuồng của cá sấu tại các điểm nuôi là rất có khả năng xảy ra. Cá sấu sống theo bầy, một chuồng nuôi đến vài chục, thậm chí vài trăm con. Mỗi khi cho cá ăn hay vệ sinh chuồng trại, cá thường tập trung vào góc chuồng, chúng nằm chồng lên nhau và cùng bám vào lưới B40, nếu việc này lặp lại nhiều lần, lưới sẽ bị gãy, nếu người nuôi không chú ý thì cá sấu có thể thoát ra ngoài.[21]

Ở Cà Mau, các hộ dân nuôi cá sấu đa số những hộ nuôi quy mô nhỏ, chuồng trại đều không bảo đảm an toàn. Phần lớn diện tích chỉ từ 8 – 12 m2 nhưng số lượng nuôi từ 10-20 con cá sấu, mật độ như quá dày, hạn chế sự phát triển của cá. Đối với loại cá từ 1 năm tuổi trở lên, nguy cơ chuồng trại bị vỡ rất cao. Đặc điểm của cá sấu là rất khỏe khi chuồng trại hẹp, cá sấu thường cấu xé nhau để tranh ăn rất quyết liệt. Những lúc như vậy, chuồng hay bị vỡ, ảnh hưởng tới sự an toàn của những người dân xung quanh, người nuôi cá sấu phải ý thức được đây là loài động vật hoang dã rất hung dữ, một khi cá sấu xổng chuồng thì đe dọa tới an toàn tính mạng của con người.[22] Tại Đồng Nai có hai vụ cá sấu sổng chuồng và lọt xuống hồ Trị An khiến người dân bất an, lo lắng.[18]